Z tym właśnie papieżem związane jest powstanie pierwszego oficjalnego cmentarza Kościoła Rzymu w katakumbach przy Via Appia Antica, nazwanych jego imieniem, oraz katakumb Kalepodiusza przy Via Aurelia, gdzie został pochowany.

Wspólnota chrześcijańska bowiem szybko zdała sobie sprawę z konieczności posiadania wspólnych miejsc grzebania ciał wiernych, aby zapewnić wszystkim, także najuboższym, godny pochówek. Nazwane one zostały cmentarzami, od greckiego słowa „koimeterion”, które oznaczało „miejsce odpoczynku”, co było zgodne z chrześcijańską koncepcją śmierci jako czasu oczekiwania na zmartwychwstanie ciał.

W ten sposób powstały i rozwinęły się pierwsze katakumby, składające się z sieci podziemnych tuneli, które wykopywano, czasami wykorzystując istniejące wcześniej przestrzenie. Te podziemne tunele umożliwiały tworzenie nałożonych jedna nad drugą nisz, często dekorowanych przedstawieniami wydarzeń lub postaci ze Starego i Nowego Testamentu, scen rodzajowych i rajskich albo z życia codziennego.

Św. Kalikst, zanim w 217 roku został papieżem, był archidiakonem swego poprzednika, papieża Zefiryna i zarządcą katakumb przy Via Appia Antica, w których spoczywa 9 papieży i około 500 tys. chrześcijan. Obecnie ciągną się one na kilku poziomach o łącznej długości 20 km, zajmując obszar 35 hektarów.

Liturgiczne wspomnienie św. Kaliksta przypada 14 października.