3 lutego Mszy św. żałobnej w bazylice Świętego Krzyża w Warszawie przewodniczył Prymas Polski kard. Józef Glemp. - Dusza Księdza Jana była jak gołąb, jak orzeł. Odleciała do Boga. Przenikała świat w jego okruchach i umiała wyrazić to słowami - mówił Ksiądz Kardynał. Podkreślił też, że Bóg dla Księdza Jana był radością, jawił mu się jako uśmiechnięty, pełen miłości i miłosierdzia.
Abp Józef Życiński natomiast mówił w homilii, że Ksiądz Jan w swych wierszach „przedstawiał śmierć jako ciekawostkę, po której trzeba iść dalej”.
- Śmierć stanowiła dla niego jedynie epizodyczną ciekawostkę. Dlatego też w którymś ze swych tekstów sugerował, aby zamiast „umarł” mówić „wymknął się naszym oczom”. Cała jego twórczość była świadectwem wartości Stamtąd.
Ksiądz Arcybiskup podkreślił w homilii, że nawet w godzinie konania towarzyszyła ks. Twardowskiemu dziecięca ufność. - Szepcząc: „Jezu, ufam Tobie”, podyktował czuwającym wtedy przy nim następujące słowa: „Zamiast śmierci/racz z uśmiechem/przyjąć Panie/ pod Twe stopy/życie moje/jak różaniec”. Nawet w godzinie ostatecznego przejścia towarzyszyła mu więc modlitwa, poezja, ufność. Zwrócił też uwagę, że Ksiądz-Poeta był człowiekiem wielkiego zafascynowania Bogiem. Fascynacja Jezusem stanowiła centrum jego kapłaństwa. - Okazywał tę fascynację, przybliżając nam uśmiechniętego Boga, który ma poczucie humoru.
Homilię Ksiądz Arcybiskup zakończył słowami: - Niech w Niebieskiej Ojczyźnie docenią poetów proporcjonalnie do tego, jak my cenimy Twe wiersze. Niech świat Bożych paradoksów płynących z Ewangelii błogosławieństw pozwoli Ci zachować tam ten sam uśmiech, którym Bóg uśmiecha się w Twej poezji. I w ramach tych paradoksów, odchodząc, pozostań z nami, Janie, gdy trzeba iść dalej. Pozostań z nami na zawsze. Na zawsze.
Prezydent RP Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie ks. Jana Twardowskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Order został przyznany ks. Twardowskiemu za „wybitne zasługi w upowszechnianiu humanistycznych wartości, za osiągnięcia w twórczości literackiej”. Order przekazała rodzinie Księdza Jana przedstawicielka Kancelarii Prezydenta RP.
O tym, że Ksiądz Jan był przewodnikiem duchowym dla wierzących i niewierzących, mówił podczas Mszy św. premier Kazimierz Marcinkiewicz. Zwrócił uwagę, że mimo popularności Ksiądz Jan pozostawał skromnym człowiekiem. - Jego wiersze kazały tysiącom ludzi stanąć na chwilę i zastanowić się. Zastanowić się nad sensem własnego życia. Mimo to napisał o sobie: „sam nic nie czyniłem dobrego, ani mniej, ani więcej, to tylko anioł rozdawał czasami przez moje ręce” - cytował słowa zmarłego K. Marcinkiewicz. - Księże Janie, Twoje wiersze to ręka podana w pomocnym geście wszystkim, którzy pragną szlachetnego życia i pokornej miłości - mówił Premier.
W pogrzebie uczestniczyli również inni przedstawiciele władz, m.in. minister kultury Kazimierz Michał Ujazdowski, a także Maria Kaczyńska, żona Prezydenta RP. Było też wielu biskupów, wśród nich: nuncjusz apostolski abp Józef Kowalczyk, abp Sławoj Leszek Głódź, bp Stanisław Kędziora, bp Jan Długosz, bp Józef Zawitkowski, bp Piotr Jarecki, bp Marian Duś, bp Tadeusz Pikus. Wśród kilkudziesięciu księży byli przedstawiciele innych wyznań, m.in. ks. Lech Tranda z Kościoła ewangelicko-reformowanego. Odczytano również list kondolencyjny abp. Stanisława Dziwisza.
Dzień wcześniej trumna z ciałem ks. Twardowskiego była wystawiona w warszawskim kościele Sióstr Wizytek, przy którym ponad pół wieku mieszkał Poeta. Została tam odprawiona Msza św., której przewodniczył ks. Wiesław Niewęgłowski, krajowy duszpasterz środowisk twórczych. - Ks. Twardowski był prorokiem przekazującym przesłanie Boga do współczesności, tak jak Jan Paweł II, kard. Stefan Wyszyński i ks. Jerzy Popiełuszko, choć każdy z nich w różny sposób - mówił w homilii. Ujawnił też, że ks. Twardowski „miał świadomość odchodzenia w śmierć”. - Jego ostatnie słowa: „pomódlmy się” zabrzmiały jak testament, zamknęły jego życie i poezję.
Ks. Jan Twardowski został pochowany obok symbolicznego grobu Jana Pawła II, w krypcie dla zasłużonych Polaków w świątyni Opatrzności Bożej w Warszawie. Miejsce to codziennie mogą teraz nawiedzać pielgrzymi.