Dnia 22 czerwca 2004 r. Senat Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu jednomyślnie nadał Janowi Pawłowi II godność doktora honoris causa. W ten sposób Papież został włączony do toruńskiej wspólnoty akademickiej. W uzasadnieniu podkreślono jego zasługi dla nauki, kultury i społeczności międzynarodowej. Poza tym przywołano postać Papieża jako wybitnego filozofa i teologa, kapłana, męża stanu, obrońcy praw człowieka, orędownika wolności i pokoju, największego autorytetu moralnego współczesnego świata.
Wręczenie dyplomu miało miejsce 23 listopada 2004 r. w Watykanie w Sali Klementyńskiej Pałacu Apostolskiego. Warto dodać, że senatorowie toruńskiego uniwersytetu stanęli przed papieżem wraz z reprezentantami Akademii Medycznej w Bydgoszczy, która tego właśnie dnia stała się Collegium Medicum uniwersytetu toruńskiego. Spotkanie rozpoczęto słowo biskupa toruńskiego Andrzeja Suskiego - Wielkiego Kanclerza Wydziału Teologicznego.Następnie ówczesny rektor uniwersytetu prof. Jan Kopcewicz odczytał laudację. Po wystąpieniu rektora ks. prof. Jerzy Bagrowicz - dziekan Wydziału Teologicznego UMK, odczytał łaciński tekst doktoratu, po czym przekazano Ojcu Świętemu dyplom o nadaniu tytułu doktora honoris causa UMK, a także epitage (biało-czerwoną szarfę z godłem uczelni, wyhaftowaną złotą nicią). Papież otrzymał również obraz, który przedstawia ołtarz Drzewo Życia z kościoła św. Jakuba w Toruniu. Po tej ceremonii przemówił Ojciec Święty.
Z okazji nadania doktoratu honoris causa uniwersytet toruński wydał specjalną publikację pt. „Fides quaerens intellectum. Wiara poszukująca zrozumienia. Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu w hołdzie Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II, Toruń 2004”. Została ona wręczona Papieżowi podczas spotkania w Watykanie.