Abp Gonzalo de Villa y Vásquez urodził się 28 kwietnia 1954 roku w Madrycie (Hiszpania). W 1974 roku wstąpił do nowicjatu jezuickiego w Republice Dominikany. Studiował filozofię w Meksyku w Instituto Libre de Filosofia i uzyskał licencjat cywilny w zakresie nauk humanistycznych. Swoją specjalizację z filozofii uzyskał na Uniwersytecie Autonomicznym Nikaragui. Studiował teologię w Instituto de Teologia para Religiosos w Caracas (Wenezuela). W Kanadzie uzyskał tytuł magistra nauk społecznych i politycznych na Uniwersytecie York w Toronto, a następnie dyplom z zakresu studiów latynoamerykańskich.

Został wyświęcony na kapłana w Panamie 13 sierpnia 1983 roku. Złożył śluby wieczyste w Towarzystwie Jezusowym 6 lutego 1993 roku.

Jako kapłan był wykładowcą akademickim a także przełożonym Towarzystwa Jezusowego dla Ameryki Środkowej, proboszczem parafii św. Antoniego, przełożonym różnych domów zakonnych Towarzystwa Jezusowego w Gwatemali i rektorem Uniwersytetu Rafaela Landívara.

9 lipca 2004 roku św. Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym archidiecezji metropolitalnej Santiago de Guatemala, przydzielając jednocześnie stolicę tytularną Rotarii. 28 lipca 2007 r. Benedykt XVI mianował go biskupem diecezji Sololá-Chimaltenango.

Od 2 października 2010 roku do 14 lipca 2011 roku bp Gonzalo de Villa y Vásquez był administratorem apostolskim archidiecezji Los Altos Quetzaltenango-Totonicapán. W 2017 roku został wybrany przewodniczącym Konferencji Episkopatu Gwatemali, a w 2020 roku został ponownie wybrany na kolejne trzy lata na tym stanowisku.