Różnie uzasadniany jest wybór Jana Pawła II na patrona szkół. Posłużmy się przykładem Szkoły Podstawowej nr 2 w Wąbrzeźnie: Trudne środowisko, w jakim szkoła funkcjonuje, potrzebuje odpowiednich wzorców osobowych i ideałów wychowawczych. Tak więc jednogłośnie rodzice, nauczyciele i uczniowie stwierdzili, że najbardziej odpowiednim wzorcem osobowym jest papież Jan Paweł II. Kolejnym kryterium wyboru była bogata spuścizna w postaci nauczania papieskiego, na podstawie której można również opracować bardzo konkretny Program Wychowawczy Szkoły oraz wypracować poprawne relacje na linii nauczyciel- uczeń, nauczyciel- rodzic, rodzic- dziecko (Wiesława Wróblewska- ówczesny dyrektor Szkoły Podstawowej nr 2).

Patronat papieski to zobowiązanie i wyzwanie. Jak budować tożsamość szkoły z takim patronem? To pytanie pojawia się na pewno często, kiedy planowany jest program wychowawczy, kiedy myśli się o dniu patrona. Papież to określone wartości, postawa, moralne kryteria, to pasterz określonej wspólnoty, a przede wszystkim świadek zmartwychwstałego Chrystusa. Oznacza to, że papież będzie należał zawsze do wymagających patronów.

Collegium Jana Pawła II

W ramach obchodów Dnia Papieskiego, przygotowanego w 27. rocznicę wyboru Jana Pawła II na Stolicę Piotrową, 17 października 2005 rok, gmach Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu otrzymał nazwę Collegium Jana Pawła II. Budynek znajduje się w uniwersyteckim kompleksie na Bielanach.

Licea: Grudziądz: III Liceum Ogólnokształcące (28 marca 2007), Toruń: V Liceum Ogólnokształcące (26 kwietnia 2007).

Gimnazja: Brąchnowo (4 listopada 2004),Grębocin (30 grudnia 2003), Kowalewo Pomorskie (14 października 2006), Pluskowęsy (21 czerwca 2007), Radzyń Chełmiński (14 września 2006), Ruda (30 czerwca 2005), Ryńsk (29 czerwca 2006), Toruń: Gimnazjum nr 3 (6 kwietnia 2006).

Szkoły podstawowe: Chełmża (17 października 2003), Grębocin (30 grudnia 2003), Mała Nieszawka (27 kwietnia 2006), Modzerowo (28 czerwca 2006), Ruda (30 czerwca 2005), Toruń: Szkoła Podstawowa nr 13 (20 listopada 1997), Wąbrzeźno: Szkoła Podstawowa nr 2 (12 lipca 2006).

Zespoły szkół: Brodnica: Zespół Szkół nr 1; Karola Wojtyły-Jana Pawła II (21 września 2006)

Centrum Dialogu Społecznego

7 czerwca 2000 roku, czyli w pierwszą rocznicę wizyty Ojca Świętego w Toruniu, w gotyckiej kamienicy przy ul. Łaziennej 22 w Toruniu zostało otwarte Centrum Dialogu Społecznego im. Jana Pawła II. Budynek stał się siedzibą ruchów i stowarzyszeń katolickich działających w diecezji toruńskiej, a także miejscem licznych spotkań, wykładów otwartych, sympozjów i konferencji organizowanych przez różne środowiska. Jego nazwa przywołuje hasło pielgrzymki papieskiej do Torunia w 1999 roku: „Dialog nowym imieniem miłości”. Jedną z form tego dialogu są relacje między rozumem i wiarą. Mówił o nich papież właśnie w Toruniu, wypowiadając między innymi następujące słowa: Potrzebna jest dzisiaj praca na rzecz pojednania wiary i rozumu. W encyklice „Fides et ratio” pisałem: Wiara, pozbawiona oparcia w rozumie, skupiła się bardziej na uczuciach i przeżyciach, co stwarza zagrożenie, że przestanie być propozycją uniwersalną. Złudne jest mniemanie, że wiara może silniej oddziaływać na słaby rozum; przeciwnie, jest wówczas narażona na poważne niebezpieczeństwo, może bowiem zostać sprowadzona do poziomu mitu lub przesądu. Analogicznie, gdy rozum nie ma do czynienia z dojrzałą wiarą, brakuje mu bodźca, który kazałby skupić uwagę na specyfice i głębi bytu (...). Odpowiedzią na odwagę wiary musi być odwaga rozumu.

Inne patronaty:

- Przysiek: patron Centrum Wolontariatu Caritas Diecezji Toruńskiej

- Toruń: patron Zespołu Opieki Paliatywnej Hospicjum Światło; patron Domu Pielgrzyma przy Sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy

- Ulice: Brodnica, Grudziądz, Kowalewo Pomorskie, Radzyń Chełmiński, Wąbrzeźno

- Parki: Brodnica, Mokre

- Place: Wąbrzeźno

- Skwery: Łasin

- Aleje: Toruń