4 marca 1964 r. Ksiądz Prymas Stefan Wyszyński, wspólnie z bp. Zygmuntem Choromańskim napisał list protestacyjny do premiera Józefa Cyrankiewicza.

Powód skierowania sprzeciwu do najwyższych władz został określony we wstępie:

W związku z obecną sytuacją Kościoła Rzym.-kat. w Polsce, zwracamy się ponownie do Rządu PRL z prośbą o zbadanie stanowiska zajmowanego przez władze administracji państwowej w odniesieniu do Kościoła.

Skłania nas do tego fakt zaostrzania przez organa administracji państwowej - dokładnie przez władze Bezpieczeństwa Publicznego i Urzędu do Spraw Wyznań - coraz bardziej walki z Kościołem. Przybiera ona wszelkie znamiona otwartego prześladowania Kościoła, duchowieństwa i wierzących katolików.

Potem autorzy listu przedstawili działania Urzędu Bezpieczeństwa wobec Kościoła:

Znane już niemal powszechnie instrukcje wskazują, że walkę z Kościołem prowadzi obecnie Urząd Bezpieczeństwa w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, jako Departament IV, który jesienią 1963 r. rozpoczął nową akcję "prowadzenia ewidencji i dokumentowania działalności kleru katolickiego", niezależnie od bieżącej "działalności operatywnej" przeciwko Kościołowi, jego instytucjom i duchownym. [...]

Niewybredne metody walki ("działalności operacyjnej") zalecane na naradach IV Departamentu MSW przez płk. St. Morawskiego, dyrektora tegoż Departamentu, napawają zdziwieniem, gdyż są niegodne praworządnego państwa, ale wręcz przejmują zgrozą.

Pan płk. Morawski zaleca m.in.: "podsycanie i wykorzystywanie konfliktów w parafii w kierunku nam wygodnym, a tym samym osłabienie działalności kleru. Jednym ze środków pogłębienia tych konfliktów może być umiejętnie spreparowana i kolportowana plotka, podana umiejętnie osobie o predyspozycjach i zdolnościach plotkarskich z odpowiednią ekspresją ... ma wielkie możliwości zniechęcenia, oskarżenia, podrywania autorytetu, wprowadzenia insynuacji. Ocena stosowanej ... represji oraz skutków, jakie one wywołują, winna wskazać nam na nowe rozwiązanie i ułatwić wypracowanie nowych, skuteczniejszych form działania... Praca operacyjna pozwoli nam zająć się klerem naprawdę wrogim i stosować wobec niego skuteczne przeciwdziałanie. Sieć tajnych współpracowników w parafiach należy wykorzystać do hamowania i osłabienia realizacji zaleceń Kurii Biskupich".

Ksiądz Prymas dołączył do listu kopię zalecenia Morawskiego. W jaki sposób do niego dotarła, trudno powiedzieć, ale dzięki temu, jego teza o walce z Kościołem została poparta dokumentem.

Kard. Wyszyński protestował także przeciwko temu, że Komendy Wojewódzkie i Powiatowe Milicji Obywatelskiej, które zamiast więcej uwagi ześrodkować na śledzeniu i wykrywaniu przestępstw, zajmują się "działalnością operatywną", tj. inwigilacją, szpiegostwem i represjami przeciwko Kościołowi Rzym.-kat." w Polsce.

Przykładem takiej działalności było przesłuchiwanie przez milicję na terenie całej Polski osób, które udawały się na Jasną Górę, by złożyć Księgi Soborowych Czynów Dobroci.

Ksiądz Prymas w dalszej części listu wyjaśnił postawę Kościoła:

Kościół w Polsce poważnie bierze zasady głoszone przez Konstytucję PRL o wolności opinii, sumienia, wyznania i kultu, gwarantowaną w art. 18 i 19 Deklaracji Praw Człowieka (...) Ponieważ korzystanie z tych zasad jest Kościołowi uniemożliwione - przez wyżej cytowane programy UB, jak USW, czy przez ataki prasy - słuszniejszą rzeczą jest mówić o obronie praw Kościoła i ludzi wierzących w Polsce, prowadzonej przez hierarchię, a nie o walce z ustrojem PRL.

Powyższe stwierdzenia autorzy listu wsparli wskazaniem konkretnych przykładów ataków na Kościół w prasie, będącej na usługach władz komunistycznych.

Na zakończenie listu prosili o skuteczną interwencję i informację o podjętych decyzjach i zarządzeniach.

Episkopat takiej odpowiedzi nigdy nie otrzymał i otrzymać nie mógł, ponieważ nierozpieczętowany oryginał listu kard. Wyszyńskiego i bp. Choromańskiego został odnaleziony w Archiwum KC PZPR w roku 1989.