Odbył studia teologiczne w Kolonii i Lowanium. W 1543 r. wstąpił do zakonu jezuitów i w 1546 r. przyjął święcenia kapłańskie. Był znakomitym teologiem. W 1556 r. Ignacy Loyola mianował go pierwszym prowincjałem nowo utworzonej prowincji niemieckiej zakonu, która miała wówczas zaledwie trzy domy: w Ingolstadt, Wiedniu i Pradze. Skierował go również do pracy apostolskiej na ziemiach germańskich, by ratować je przed całkowitym opanowaniem przez protestantyzm. Kanizjusz słynął ze swoich publicznych debat z teologami protestanckimi, w których wykorzystując argumenty oparte na Piśmie Świętym i Tradycji, bronił doktryny katolickiej.