Mszy św. pogrzebowej przewodniczył bp Robert Chrząszcz. Homilię wygłosił ks. prof. Łukasz Kamykowski, przewodniczący Rady Dialogu Ekumenicznego i Międzyreligijnego Archidiecezji Krakowskiej. Mówił o chrześcijańskiej nadziei i wierze, która pozwalała Stefanowi Wilkanowiczowi mieć „siłę, moc, odwagę, wytrwałość, cierpliwość”.

- Każdy ma swoją miarę lat, by świadczyć o tej prawdzie, że jest Droga, Prawda, Życie i że jest Ktoś, kto poszedł, by przygotować nam miejsce, aby nas tam zawołać. Dlatego mamy ufność, że to wezwanie będzie dla pana Stefana spotkaniem z Tym, który go przygarnie – zaznaczył kapłan. - Kto jest dla ludzi znakiem, że nie wolno poniżać, nie szanować, skłócać, ale trzeba budować relacje tam, gdzie jest różnorodność poglądów i zdań, z gotowością wysłuchania i dialogu, tam jest nadzieja, że spełnia się w tym życiu Ewangelia. Ona się spełnia również w tej godzinie, kiedy Bóg przechodzi od obietnic do podarowania tego, co obiecał – dodał ks. Kamykowski.

W kościele świętych Piotra i Pawła żegnał Stefana Wilkanowicza były prezes Wydawnictwa Znak Henryk Woźniakowski. Przypomniał, że to właśnie duchowość benedyktyńska go ukształtowała i inspirowała, a dwa hasła mnichów: „Ora et labora” oraz „Ordo et pax” były jego życiowym przesłaniem. - To porządkowanie życia i świata w przestrzeni wiary i intelektu, takie porządkowanie, by panował pokój, który w rozumieniu Stefana jest przeciwieństwem martwej ciszy. Jest stanem dynamicznym, umożliwia prawdziwe spotkanie, rzeczywiste spotkanie – mówił Henryk Woźniakowski.

Jak podkreślał, benedyktynom dawny naczelny miesięcznika Znak zawdzięczał także umiłowanie tradycji, które nie ma nic wspólnego z tradycjonalizmem, ale jest postawą gotowości powrotu do korzeni, „zawsze żywych i czystych źródeł tryskających z Ewangelii i apostolskich początków Kościoła”.

Omawiając wielość jego zaangażowania społecznego, dziennikarskiego i intelektualnego, H. Woźniakowski akcentował konieczność kontynuacji jego dzieła, które polegało na „uzdrawianiu świata”. - Dziedzictwo Stefana żyje już swoim życiem, ale teraz, po jego śmierci, zostaje ponownie oddane w nasze ręce i rozpoczyna nowe życie – mówił.

- Stefan był człowiekiem uskrzydlonym. Za młodu chciał latać na szybowcach. To się nie udało, ale za to wzniósł się wysoko ku czynnej kontemplacji prawdy na skrzydłach wiary i rozumu – podkreślał.

O swoich spotkaniach ze Stefanem Wilkanowiczem mówił Zbigniew Nosowski. - Chciałem być taki jak on – wyznawał. Dodał, że zmarły był dla niego „metrem z Sevres” chrześcijanina, czyli człowieka związanego z Jezusem i dającego siebie bliźnim. - Pozostanie dla mnie na zawsze przykładem, jak można łączyć w życiu głęboką duchowość z niestrudzoną działalnością na rzecz drugiego, intelektualne diagnozy z zaangażowaniem na rzecz zmieniania świata na lepsze, nieuchronny upływ czasu z młodzieńczą energią – mówił.

Przypomniał, że Stefan Wilkanowicz był przede wszystkim człowiekiem dialogu, który jako jeden z pierwszych w Polsce zaczął mówić o potrzebie trialogu, czyli spotkania chrześcijan, żydów i muzułmanów.

Wspominał ostatnie spotkanie ze Stefanem Wilkanowiczem, niemal do końca zainteresowanym sprawami świata i Kościoła, próbującym go zrozumieć. „I co ja mam z tym teraz zrobić” – reagował na wieść o problemach. Zdaniem Nosowskiego, było to charakterystyczne dla założyciela Fundacji Kultury Chrześcijańskiej Znak, który chciał naprawiać świat. - Teraz zmienianie świata jest w naszych rękach. Bądźmy więc jak Stefan Wilkanowicz – zaapelował na koniec redaktor naczelny „Więzi”.

Zgodnie z wolą Zmarłego zamiast kwiatów żałobnicy wpłacali datki na rzecz Domu Opieki Sióstr Albertynek w Krakowie. Siostry opiekowały się Stefanem Wilkanowiczem w ostatnich latach jego życia.

Stefan Wilkanowicz urodził się 3 stycznia 1924 r. w Warszawie. Studiował inżynierię na Politechnice Warszawskiej i filozofię na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim.

Początkowo pracował w zakładach mechanicznych Ursusa. Brał udział w zakładaniu Klubów Inteligencji Katolickiej w Warszawie i Krakowie. Od 1957 r. pracował w „Znaku” i „Tygodniku Powszechnym, a ponadto założycielem i redaktorem internetowego magazynu „Forum: Żydzi – Chrześcijanie – Muzułmanie”. W latach 1978–1994 był redaktorem naczelnym miesięcznika „Znak”.

W latach 1972–1979 z nominacji kard. Karola Wojtyły przewodniczył Komisji Apostolstwa Świeckich Duszpasterskiego Synodu Archidiecezji Krakowskiej, w okresie 1977–1988 był członkiem Papieskiej Rady do spraw Świeckich. Sprawował też funkcję wiceprzewodniczącego Krajowej Rady Katolików Świeckich.

Był zastępcą przewodniczącego Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej i przewodniczącym Rady Międzynarodowego Centrum Edukacji o Auschwitz i Holokauście.

Zakładał, a potem stał na czele Fundacji Kultury Chrześcijańskiej Znak. Był współzałożycielem stowarzyszenia Klub Chrześcijan i Żydów „Przymierze”.

W 1999 r. powołany na wiceprzewodniczącego Polskiego Komitetu do spraw UNESCO.

Jest autorem kilku książek o tematyce chrześcijańskiej oraz licznych artykułów w różnych periodykach, a także tekstu, na podstawie którego Tadeusz Mazowiecki opracował preambułę do Konstytucji RP z 1997 r.

Za swoją działalność został odznaczony Krzyżem Oficerskim oraz Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski i kawalerem Orderu św. Sylwestra. W 2005 r. otrzymał od papieża Benedykta XVI Oświęcimską Nagrodę Praw Człowieka im. Jana Pawła II. Uhonorowano go m.in. Nagrodą im. Ireny Sendlerowej przyznawaną za działalność na rzecz umocnienia relacji polsko-żydowskich, a także Nagrodą Dziennikarską „Ślad” im. bp. Jana Chrapka.

Po Mszy św. ciało Stefana Wilkanowicza spoczęło na tynieckim cmentarzu, gdzie pochowana jest jego żona Maria Tran Thi Lai Wilkanowicz. Na tej samej nekropolii znajdują się mogiły m.in. Jerzego Turowicza, Hanny Malewskiej, Jana Józefa Szczepańskiego, Marka Skwarnickiego, Mieczysława Pszona i innych osób związanych ze środowiskiem „Tygodnika Powszechnego” i „Znaku”.